นีโอค้นพบว่าเขาสามารถใช้พลังของเขาในโลกแห่งความเป็นจริงได้เช่นกันและจิตใจของเขาก็สามารถเป็นอิสระได้จากร่างกายของเขาอันเป็นผลมาจากการที่เขาพบว่าตัวเองติดกับสถานีรถไฟระหว่างเมทริกซ์และโลกแห่งความจริง ในขณะเดียวกันไซอันกำลังเตรียมพร้อมสำหรับสงครามที่กำลังจะมาถึงพร้อมกับเครื่องจักรที่มีโอกาสรอดชีวิตน้อยมาก เพื่อนร่วมงานของ Neo ได้ออกเดินทางเพื่อปลดปล่อยเขาจาก The Merovingian เนื่องจากเชื่อว่าเขาเป็นผู้หนึ่งที่จะยุติสงครามระหว่างมนุษย์และเครื่องจักร สิ่งที่พวกเขาไม่ทราบคือมีภัยคุกคามจากบุคคลที่สามซึ่งเป็นคนที่วางแผนจะทำลายทั้งสองโลก เขียนโดย Soumitra