ทหารสองนายประจำการใน Kazahkstan (กัปตัน Duke Hauser และหุ้นส่วนของเขา "Ripcord") ได้รับคำสั่งให้ส่งหัวรบพิเศษที่สร้างโดย MARS ผู้ผลิตอาวุธควบคุมโดย James McCullen เมื่อพวกเขาถูกโจมตีโดยโจร (นำโดย Anastasia DeCobray ซึ่ง Duke มีประวัติ) พวกเขาจะได้รับการช่วยเหลือจากหน่วยลับสุดยอดหน่วยรบพิเศษระหว่างประเทศที่รู้จักกันในชื่อ "GI Joe" ผู้นำของเฮสเตอร์โจนายพลอเบอร์นาธี (หรือฮอว์ก) กำลังตามหาพวกโจร: องค์กรชั่วร้ายที่เรียกว่า "งูเห่า" ในขณะที่ Duke และ Ripcord ฝึกฝนเพื่อเข้าร่วม Joes, McCullen ("Destro") กำลังแอบทำงานกับงูเห่าและวางแผนที่จะเอาหัวรบ "Nanomite" ที่กินโลหะของเขา Duke และ Ripcord (ด้วยความช่วยเหลือจาก Heavy Duty, Snake Eyes, เขียนโดย John Wiggins